«Астана» футбол клубы 2009 жылы құрылды. Алғашқы маусымнан бастап клуб алдына Қазақстан Чемпионаты мен Еуропада ел намысын жоғары деңгейде қорғау міндеті жүктелді.
УЕФА ережесі бойынша клуб еурокубоктарға тек бес жыл өткеннен кейін ғана қатысуға құқылы. Осылайша «Астананың» еурокубоктердегі дебюті 2013 жылдың маусымына дейін кейінге қалдырылды.
2009 жылы клубқа Ресей құрамасының экс-ойыншылары Андрей Тихонов пен Егор Титов, сондай-ақ Өзбекстан құрамасы мен киевтік "Динамо" командасының шабуылшысы Максим Шацких шақырылды. Бұған қоса, команда құрамына қазақстандық футболшылардың үздіктері іріктелді. Бірінші талпыныстан-ақ, алтынды жеңіп алу мүмкін болмады, команда күміс жүлдеге қол жеткізді.
Команда 2010 жылы алғашқы трофейіне қол жеткізді. Чемпионаттағы сәтсіз ойынға (төртінші орын) қарамастан, неміс маманы Хольгер Фах шәкірттері Қазақстан Кубогын жеңіп алды. Елорда командасы финалда қарағандылық «Шахтерді» 1:0 есебімен жеңді.
Астаналықтар келесі маусымды да сәтті бастап, Қазақстан Суперкубогы үшін өткен ойында қостанайлық «Тобылдан» 2:1 есебімен басым түсіп, тағы бір трофейге қол жеткізді.
«Астана» 2012 жылы тағы да Қазақстан Кубогын жеңіп алса, 2013 жыл чемпионаттың күміс жүлдесіне қол жеткізді.
Клубтың «Алтын» дәуірі 2014 жылы команда тізгінін Станимир Стоилов ұстаған кезден басталды. Команда бірінші талпыныстан-ақ Еуропа Лигасының плей-офф кезеңіне дейін жетті. Елордалықтар осы жолда армяндық «Пюник», израильдік «Маккаби» және шведтік АИК командаларын жеңді. Чемпионатта көптен күткен алтын жүлдеге қол жеткізді.
Келесі бес жылда «Астана» бірінші орынды ешкімге бермей, Станимир Стоиловпен үш титулды, Григорий Бабаянмен бір титулды жеңіп, ал 2019 жылы клуб алтыншы рет қатарынан ел чемпионы атанды.
Еурокубоктерде де барлығы сәтті басталды. Чемпиондар Лигасының алғашқы іріктеу кезеңдерінде елорда командасы «Марибор», финдік ХИК және кипрлік АПОЭЛ командаларын жеңді. Осылайша, «Астана» Қазақстан футболы тарихында тұңғыш рет Кәрі құрлықтың ең басты додасы саналатын Чемпиондар Лигасының топтық кезеңіне жолдама алып, «Бенфика», «Галатасарай» және «Атлетико Мадрид» командаларымен бір топта бақ сынады.
Елорда командасы әзірге Чемпиондар Лигасындағы жетістігін қайталай алмай келе жатыр. Дегенмен, команда төрт жыл қатарынан Еуропа Лигасының топтық кезеңінде ойнап, Қазақстан үшін тарихи нәтиже көрсетіп келеді.
2016/2017 жылғы маусымда «Астана» кипрлік АПОЭЛден 2:1 есебімен басым түсіп, Қазақстан футбол тарихында бірінші рет топтық кезеңде жеңіске жетті.
«Астана» келесі жылы Еуропа Лигасында чехиялық «Славия», израильдік «Маккаби» және испандық «Вильярреалмен» бір топта ойнап, топтық кезеңнен әрі өту арқылы тағы бір мәрте тарихи нәтижеге қол жеткізді. Команда Еуропа Лигасының 1/16 финалында португалиялық «Спортинг» командасымен кездесті.
2018/2019 жылғы Чемпиондар Лигасы маусымы алдында команда тізгініне украиналық маман Роман Григорчук келді. Команда бұл жылы да топтық кезеңге жолдама алып, франциялық «Ренн», чехиялық «Яблонец» және украиналық«Динамо» командаларымен бір топта ойнады.
«Астана» футбол клубы 2018/19 жылғы маусымда тағы да Еуропа Лигасының топтық кезеңіне өтті. Елорда ұжымына бұл жылы Еуропаның ең танымал клубы «Манчестер Юнайтед», сондай-ақ сербиялық «Патризан» және голландиялық «Аз Алкмаар» командалары қарсылас атанды.
2020 жылғы маусым алдында команданың бас бапкері лауазымына Михал Билек (Чехия) тағайындалды. Маусымның алғашқы ойынын «Қайсармен» өткізіп, қызылордалық командадан басым түсіп, Қазақстан Суперкубогына қол жеткізді. Ал ел чемпионаты коронавирус пандемиясына байланысты кейінге шегерілді. Чемпиондар лигасында елордалық клуб «Динамо-Брестпен» ойнаса, Еуропа лигасында черноголиялық «Будучность» командасына есе жіберді. Осы уақытта Михал Билектің орнына ресейлік Андрей Тихонов келді. Қазақстан чемпионатының барлық ойыны бір жерде өтіп, маусым соңында «Астана» қола жүлдені иеленді.
2021 жылы «Астана» жаңа леппен ойын маусымын бастады. Андрей Тихонов баптаған жігіттер ұзақ уақыт чемпионат кестесінде көш бастап тұрды. Жазғы еурокубоктар кезеңінде команда «Аристі» ұтып, келесі қарсылас финдік «КуПС-қа» төтеп бере алмады. Ал ел чемпионатында екінші орыннан көрінді.
«Астана» футбол клубының ұйымдастыру бөлімінің жұмысын оңтайландыру және құрылымын өзгерту мақсатында Директорлар кеңесі таратылып, орнына жаңа алқалы орган – Байқаушы кеңес құрылды.
Биылғы маусымда Срджан Благоевичтің (Сербия) бастаған «Астаналық» жігіттер Қазақстан чемпионатының кестесінде әзірге екінші орында тұр. Конференция лигасының екінші іріктеу кезеңінде польшалық «Ракувпен» кездесу сәтсіз аяқталды.
Қыркүйекте бас бапкер қызметіне Григорий Бабаян тағайындалды. Қараша айында команда жетінші рет ел чемпионы атанды.
2023 жылы елордалық команда маусымның ашылу матчында Қазақстан Суперкубогын жеңіп алды.
«Астана» футбол клубы 2024 жылы УЕФА Конференциялар Лигасының топтық кезеңіне шыққан отандық жалғыз команда атанды. Елордалық ұжым аталмыш турнир барысында лондондық «Челси» командасына қарсы ойнады. Сондай-ақ, команда елімізде тұңғыш рет ұйымдастырылған Лига Кубогы турнирінде жеңіске жетті. Григорий Бабаян шәкірттері Қазақстан чемпионатында екінші орынға тұрақтады.
